El cultivo y el uso del cacao se remonta a Centroamérica. Estudios genéticos del árbol de cacao (Theobroma) muestran su origen y domesticación en las tierras bajas del río amazonas, propagándose desde allí al resto de America ecuatorial, aunque otros estudios sugieren que el árbol también es originario de la zona de Lacandona en México. El árbol del cacao pertenece al género Theobroma, de la familia Sterculiaceae, que contiene 22 especies. Hoy en día, la más común de las especies cultivadas es Theobroma cacao, con dos subespecies y tres formas.
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